La Fraternidad fue constituida el 20 de junio de 1887 por un pequeño grupo de maquinistas y fogoneros del Ferrocarril Oeste, 208 valientes que decidieron organizarse para defender sus derechos y ayudarse mutuamente, y que apenas una año después serian protagonistas del primer paro en defensa de un compañero detenido injustamente, por un accidente en un paso a nivel en San Martín del ferrocarril de Buenos Aires a Campana. Es la consecuencia de los primeros e iníciales esfuerzos de organización del movimiento obrero del siglo XIX. Adquirió la forma de Sociedad de Resistencia, ante la imposibilidad de lograr reconocimiento para su actividad social y gremial, que no era reconocida por el régimen conservador.

A pesar de las dificultades iniciales, creció en esos primeros años y se fue extendiendo gradualmente al resto de los ferrocarriles, a medida que la red ferroviaria nacional pasaba de 4.000 en 1890 a 36.000 Km en 1915. Muchos pueblos y ciudades se fundaron a la vera de las estaciones y playas ferroviarias y en muchos de esos lugares, antes que el Jefe de Policía, el Juez de Paz o el Gerente del Banco Nación, los primeros en llegar fueron los ferroviarios.

Es la primera organización sindical nacional y fue un importante apoyo para el desarrollo del movimiento sindical del interior argentino. Su Estatuto es el primero en ser reconocido por los poderes públicos, firmado por el presidente Juárez Celman en 1889, como un signo de esos tiempos iniciales y controvertidos está escrito en castellano e inglés.

En 1890 se había creado la primera Academia de Instrucción, con la colaboración inestimable de los ingenieros Carlos Echague y Otto Krause. Dieciocho años después se estableció la primera escuela técnica seccional, en la ciudad bonaerense de Las Flores del ferrocarril Sud (Roca). En sus escuelas no solo se impartían saberes vinculados a la práctica ferroviaria, leyes y reglamentos o conocimientos sobre el «arte» de conducir locomotoras a vapor, sino que también se aprendía a hablar y escribir en castellano. Era una clase trabajadora inmigrante que en La Fraternidad adquirió nacionalidad e identidad.

En 1905 realiza la primera Asamblea General de Delegados, y en octubre de 1907 aparece la Revista Social, un importante organizador y la voz de la Sociedad, que desde entonces se ha publicado de manera ininterrumpida.

El conflicto creciente con las empresas ferroviarias y la consolidación de su organización interna, permitiría dar respuesta al que constituía el objetivo central de La Fraternidad, la obtención del primer Reglamento de Trabajo que pondría final a una actividad desplegada durante más de treinta años.

Comenzó con la huelga de 1912 que lo reclamaba, y que duró 52 días. Culminó con una dura derrota que postergó por varios años las revindicaciones sostenidas, y aunque significó una gran enseñanza al enfrentar a las empresas y al gobierno nacional dejó en la calle a más de tres mil maquinistas y fogoneros.

También significó la concreción de la unidad con la Federación Ferroviaria Argentina (FOF), al firmar el Pacto de Solidaridad, que comprometía a las dos organizaciones a realizar acciones conjuntas para la obtención de todas las reivindicaciones postergadas por años, y que los importantes cambios políticos y sociales en el país iban a sostener.
El triunfo radical de Hipólito Irigoyen en 1916, dio efectivamente nuevo impulso al conflicto gremial, y luego de un paro de 24 días en 1917, las empresas reconocieron a las organizaciones sindicales del riel y el pliego de demandas.

La Fraternidad obtuvo así el primer Reglamento de Trabajo, el régimen jubilatorio y legalidad para desarrollar su actividad sindical.

El Pacto de Solidaridad con la FOF, que luego en 1922 constituiría la Unión Ferroviaria, dio comienzo al proceso de unidad con esa organización, al constituir la Confraternidad Ferroviaria. Consolidó en La Fraternidad un claro perfil reformista y negociador, autonómico y liberal en sus relaciones con los poderes públicos y las empresas.
También la convirtió en el primer gran sindicato nacional, vinculado al crecimiento del ferrocarril, como centro del modelo agro exportador y librecambista que vinculaba fuertemente a la Argentina con Inglaterra.

En 1921 con la constitución de la Confraternidad Ferroviari amplio su nivel de demandas, y en 1927 con la creación de la Mesa Única de Exámenes, desarrollo el funcionamiento de las Comisiones Permanentes de Reclamos y los Congresos Regionales por ferrocarril.

A pesar del reconocimiento de conquistas, devolución de los descuentos de la década anterior, personería gremial, aumentos de salarios y posterior nacionalización de los ferrocarriles, se retiró de la CGT, oponiéndose a la acción de la Secretaría de Trabajo, sin apreciar la magnitud de los profundos cambios ocurridos y sosteniendo su tradicional concepción autonómica. Ese posicionamiento significo el aislamiento político, que sumió al sindicato en una crisis interna, que luego de 1951 con la huelga ferroviaria, posibilitó el surgimiento de una nueva Comisión Directiva. Todo ello a pesar de que los Derechos del Trabajador habían sido incluidos en la Constitución de 1949, y la mitad del PBI nacional eran salarios, concretando las reivindicaciones históricas de distribución de la riqueza y Justicia Social.

La revolución de 1955, el golpe cívico y militar que derrocó al General Perón, inauguró una época marcada por las crisis y los recurrentes golpes militares. La Fraternidad formó parte del sector sindical cercano a la Revolución Libertadora, al reponer al frente de ella a la dirigencia que la dirigía antes de 1951. Sin embargo dictadura y decadencia del ferrocarril se harían inseparables, con el cierre de ramales, estaciones, galpones y talleres y el levantamiento de servicios, junto con el despido y precarización de miles de ferroviarios.


La gran huelga de 1961 de 42 días, sería la respuesta al gobierno del presidente Frondizi, que había reemplazado al gobierno de la Revolución Libertadora, pero mantenido su política de reducción del modo ferroviario, con la implementación del Plan Larkin.

La huelga finalizaría con un virtual empate, que retardaría el desguace del ferrocarril. La clase política había resuelto sacarse de encima el «problema ferroviario», justificado en el creciente déficits de la empresa estatal y también de sus organizados sindicatos, dando impulso al transporte por carretera, con la instalación de fabricas terminales de autos, camiones y la construcción de rutas y caminos.

Luego del golpe cívico militar de 1966, con varios interinatos militares, sacudido por la creciente violencia política y social, se concreta el triunfo electoral en 1973 del FREJULI. Comienza la aplicación del Plan Trienal con la recuperación del ferrocarril. Es designado presidente de la empresa en 1975, Cesáreo Melgarejo presidente de La Fraternidad, luego de una serie de denuncias sobre irregularidades en la empresa estatal. Ferrocarriles Argentinos era todavía el mayor empleador de América Latina.

La instalación de la dictadura cívico militar en 1976, clausura la experiencia política abierta en 1973 y también el corto período de Cesáreo Melgarejo al frente de Ferrocarriles Argentinos. Se Implementa un plan económico que reorganiza la economía nacional de acuerdo al nuevo paradigma internacional y que reprime y desconoce conquista históricas del movimiento obrero. Muchos de sus dirigentes son perseguidos, encarcelados y asesinados.

La CGT es disuelta y La Fraternidad no es intervenida, pero el Convenio Laboral 26 del año 1975, el mejor en la historia de la organización sindical es derogado y su aplicación será solo recuperada en su parte convencional en 1983. El ferrocarril sufrirá su achicamiento más crucial, anticipando la década devastadora de los 90.

A pesar de la caída del gobierno dictatorial, con la derrota en la guerra de Malvinas, y la recuperación de la democracia, la grave crisis del ferrocarril no será resuelta, se mantuvo invariable y con la llegada de Carlos Menem a la presidencia se acentuó su decadencia, sostenido con la aplicación de un programa económico, diseñado en el ideario del Consenso de Washington.

La Fraternidad que en 1987, había llegado a su primer centenario, asistió diezmada y en crisis a la devastación del modo ferroviario y su reemplazo acelerado por el transporte automotor. Comenzó en 1989, un proceso de luchas, que en 1991, habría de sostener una dura huelga, como anticipo de un final inevitable. La organización gremial no podría modificar la lógica y la fortaleza coyuntural, del programa y el modelo que acumulaba en la opinión pública y en toda la sociedad, dispuesta a sostener al gobierno neoliberal de Carlos Menem, que privatizaba empresas públicas estratégicas, reducía el Estado y jubilaba, retiraba o despedía a cientos de miles de trabajadores.

Solo quedó para La Fraternidad el lento trabajo de su reorganización. Como en otras épocas cruciales de su larga vida institucional, se ponía en juego su supervivencia como organización gremial. Con la unidad y la organización como banderas, un grupo de dirigentes y trabajadores integrado por Carlos Zamora, Omar Maturano, Horacio Caminos, entre otros, constituyeron la Confraternidad Ferroviaria en 1994. La unidad de los fraternales y la organización definitiva del sindicato, que dejara atrás a la vieja Sociedad del Personal de Locomotoras, concretaron paulatinamente la impostergable refundación.