El Sindicato La Fraternidad cuenta con 15 Secretarías en las que diariamente se gestionan las actividades que demanda la organización y sus afiliados.

Secretaría General

Secretaría Adjunta

Secretaría de Hacienda y Patrimonio

Secretaría Administrativa

Secretaría de Organización

Secretaría Gremial e Interior

Secretaría de Derechos Humanos

Secretaría de Politíca Ferroviaria

Secretaría de La Juventud

Secretaría de Acción Social

Secretaría de Seguridad e Higiene Laboral

Secretaría de Capacitación Sindical, Legal y Técnica

Secretaría de Turismo

Secretaría de Prensa Y Propaganda

Secretaría de Previsión Social